ZEISS – ZEN – Déconvolution

La solution de déconvolution GPU que nous proposons est la solution ZEN déconvolution – ZEISS. Elle permet de satisfaire les débutants avec des méthodes simples préconfigurées utilisables avec un simple clic …

 

Cette méthode purement logicielle consiste à réattribuer le signal de fluorescence flou à son point d’origine. Le principe est que tout élément fluorescent imagé par un microscope subit une transformation (appelé également « convolution » ) liée aux propriétés du trajet optique. Il est possible caractériser cette transformation mathématiquement, ou bien de la mesurer en réalisant l’image en XYZ d’une bille dont la taille est inférieure à la résolution du microscope. L’image obtenue d’une telle bille est appelée PSF pour « Point Spread Function », c’est à dire la « fonction de dispersion de la lumière provenant d’un point ». Une fois cette fonction de convolution mesurée ou calculée, il est possible de faire le calcul inverse : la « déconvolution », pour passer d’une image avec du flou à une image nette. 

Cette méthode, très gourmande en calculs informatiques, avait pour plus grand défaut son temps de calcul. Avec l’apparition des processus de calcul dits « GPU » cette approche est à nouveau pertinente !

 

Déconvolution Image brute en projection avec flou à gauche vs déconvoluée à droite
Image brute en projection avec flou à gauche vs déconvoluée à droite

La solution de déconvolution GPU que nous proposons est la solution ZEN déconvolution – ZEISS. Elle permet de satisfaire les débutants avec des méthodes simples préconfigurées utilisables avec un simple clic …

ZEN déconvolution menu de choix des algorithmes

… tout comme les experts grâce à l’utilisation des PSF théoriques finement ajustables mais également l’utilisation de PSF mesurées sur le système. Un didacticiel permettra de faciliter la création de PSF.

Les points forts : Pour les débutants jusqu’aux experts. Juste besoin d’un PC équipé de calcul GPU et du logiciel. On peut travailler sur un PC non relié au microscope et avec des données provenant de plusieurs microscopes différents.

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